O correto é Paraty com “y”, porém oficialmente é aceito as duas formas – Paraty e Parati. Órgãos do Governo Federal utilizam Parati com “i” (com exceção do IPHAN), e o governo municipal usa o “y”. O governo do Estado do Rio do Janeiro utiliza nas duas formas. Os indígenas chamavam o lugar de Paratii, cujo significado em tupi é “água do parati” (“parati”=espécie de peixe e “i”=rio ou água). Os jesuítas, que catequizavam os índios e estudavam suas línguas, tinham o costume de trocar o duplo “i” pela letra “y” passando assim o nome de Paratii para Paraty. O Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa é claro quanto ao uso das letras “k”, “w” e “y” em casos especiais, e também em casos de nomes de tradição histórica.